Une infirmière pratique un test PCR en France en novembre 2020 (AFP / Jean-philippe Ksiazek)

Hold-Up: les fausses affirmations sur les tests RT-PCR

Copyright AFP 2017-2020. Droits de reproduction réservés.

A plusieurs reprises, des intervenants ou la voix-off mettent en doute la fiabilité des tests RT-PCR, preuve selon eux que la pandémie est exagérée parce que la plupart seraient “faux”. Cette idée a été déjà été démontée par plusieurs experts dans des articles de l’AFP, en particulier ici et

A la 9ème minute environ, Silvano Trotta affirme que le nombre élevé de cas positifs en France s’explique par le nombre de "cycles d’amplification" utlisés par les tests RT-PCR pour détecter le Sars-Cov-2. Cette idée repose sur une inteprétation abusive de la notion de cycles et méconnaît les limites scientifiques de cet indicateur.

Elle suppose aussi qu’il existe des seuils connus et fixes nationaux qui seraient comparables d’un pays à l’autre. C’est erroné.

Ce qui est exact, c’est que pour pouvoir détecter même de petites quantités de virus, le test RT-PCR va amplifier son matériel génétique (l'ARN) un certain nombre de fois, à des températures différentes: ce sont les cycles d'amplification ("CT" selon l'acronyme anglais).

Donc, plus il faut de cycles, moins il y a de quantité de virus et inversement. L’idée est de repérer le maximum de personnes positives dans un souci de limiter au maximum la propagation de la pandémie.

Ces tests peuvent donc repérer des quantités très faibles de virus, y compris parfois dans des cas où elle si faible que le patient pourrait ne plus être contagieux. 

Le nombre de cycles d’amplification est donc bien corrélé à la quantité de virus détecté dans l’échantillon du patient. 

Pour autant c’est un indicateur incomplet, imparfait et qui ne peut pas être universel car il existe différentes techniques de RT-PCR, qui n'ont pas toutes besoin du même nombre de cycles pour détecter la même quantité de virus. 

 "Vous pouvez avoir une PCR qui, pour une même charge virale, va donner 40 (CT) et l’autre va donner 35", expliquait en septembre Vincent Enouf, spécialiste du sujet à l’Institut Pasteur.

"Le test RT-PCR ne quantifie pas de manière précise le virus. On sait qu’il y a une relation entre le nombre de cycles réalisés pour trouver des traces du virus et la contagiosité du patient, mais on ne sait pas à partir de quelle valeur de virus il est contagieux", avait aussi expliqué à l’AFP Frédéric Cotton , chef du service de chimie médicale au Laboratoire Hospitalier Universitaire de Bruxelles dans cet article de l’AFP.

Dans un avis rendu le 25 septembre, la Société française de microbiologie a observé que selon les machines de tests utilisés en France, les CT sont très différents.

La question des limites d'interprétation des valeurs CT a fait l'objet d'un article de l'AFP détaillé publié le 22 septembre.

De plus, selon cet article de nos confrères de CheckNews, il n’y a pas non plus de valeur CT unifiée en Allemagne. 

Il n’est donc pas possible, comme le fait Silvano Trotta, de considérer que des valeurs de CT sont interprétables et comparables entre elles ni de généraliser des valeurs  CT maximales pratiquées dans un pays.

En outre, contrairement à ce qu’affirme Silvano Trotta, ce système d’amplification n’entraîne pas la détection de "traces infinitésimales de n’importe quoi", comme une grippe ou un rhume.

Comme expliqué ici, les tests PCR sont conçus pour détecter spécifiquement le génome du Sars-Cov-2, à l’origine du Covid.

La fiabilité de ces tests est examinée en France par un service de l’Institut Pasteur et la Haute autorité de santé.

Une machine d'analyse de tests PCR à Madagascar en avril 2020 (AFP / Rijasolo)

Plus loin, autour de la 21ème minute, on retrouve dans les propos d’un interviewé l’idée que 95% des tests positifs détectés en Grande-Bretagne seraient des “faux positifs”. C’est également erroné. 

Selon des estimations préliminaires citées dans un article du Lancet en septembre, les "faux-positifs" au Royaume-Uni se situeraient entre 0,8 et 4%.

En biologie médicale, un "faux positif" est un résultat qui aurait détecté un pathogène dans un échantillon alors que le patient n'en est pas porteur.

Comme expliqué ici par le Dr Cédric Carbonneil, chargé de ces questions à la Haute autorité de Santé, les cas de "faux positifs" conformes à cette définition sont rarissimes avec les tests homologués et dus le cas échéant à une mauvaise manipulation, qui a abouti par exemple à la contamination accidentelle de l'échantillon.

Contrairement à une utilisation abusive fréquente du terme, "faux -positif" ne veut pas dire que la charge virale détectée est trop faible pour que la personne soit malade ou contagieuse.

L’idée similaire de 90% de “faux positifs en France” a été démystifiée par des experts dans cet article de l’AFP. 

CORONAVIRUS