(AFP / Philip Fong)

Si, les tests homologués détectent bien spécifiquement la présence de Sars-Cov-2

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Un visuel, partagé près de 2500 fois en 10 jours, prétend que les tests PCR pratiqués actuellement détectent "n'importe quel" type coronavirus. C'est faux: les tests homologués sont bien spécifiques au nouveau coronavirus, selon plusieurs experts interrogés par l'AFP. 

Capture d'écran Facebook prise le 12/10/2020

Contrairement à ce qu'affirment cette publication, les tests utilisés pour détecter le Sars-Cov-2, nom du virus à l'origine de la maladie Covid-19, sont bien spécifiques à ce virus, ont expliqué plusieurs spécialistes interrogés par l'AFP.

Les tests RT-PCR (ou "virologiques"), qui permettent via un prélèvement nasopharyngé de déterminer si un patient est porteur ou non du virus à l'instant T, cherchent "des régions du génome qui sont spécifiques" à ce virus, explique le 8 septembre 2020 Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre national de référence des virus des infections respiratoires de l'Institut Pasteur.

Techniquement, il s'agit de transcrire du matériel génétique du virus (de l'ARN) en ADN puis de l'amplifier en plusieurs cycles – à des températures différentes – pour pouvoir détecter même de petites quantités de matériel génétique.

"Ce qu'elle détecte, c'est la présence du génome du virus et cela ne fait aucun doute", abonde Juan Carballeda, chercheur au Conicet (Conseil national de la recherche scientifique et technique) et membre de l'Association argentine des virologies, interrogé en juillet.

Juan Sabatté, médecin et docteur en microbiologie, explique aussi que le test PCR "détecte des séquences d'ARN spécifiques présentes dans l'ARN du virus Sars-Cov-2".

Il est donc faux de dire, comme le fait la publication, que les tests détectent tous types de coronavirus.

Précaution supplémentaire pour les tests homologués en France, les tests doivent chercher deux "cibles moléculaires" du Sars-Cov-2, deux zones du génome, ajoute, le 9 septembre, Cédric Carbonneil, chef du service d’évaluation des actes professionnels de la Haute autorité de Santé (HAS).

La capacité d'un test à bien identifier un virus en particulier et à ne pas le confondre avec un autre pathogène s'appelle la spécificité. 

Actuellement, "on estime que la spécificité des RT-PCR est de l'ordre de 99%", dit le Dr Carbonneil, ce qui rend rarissime les résultats "faux positifs", contrairement à ce qui est affirmé dans ces publications. 

Pour vérifier la spécificité d'un test PCR, "on va prendre d'autres prélèvements, connus pour contenir d'autres virus comme la grippe ou le rhinovirus, et on va vérifier que notre PCR ne détecte pas les autres virus respiratoires et bien uniquement le Covid-19", ajoute Vincent Enouf, de l'Institut Pasteur.

Les autres tests, appelés sérologiques, servent, via une analyse sanguine, à détecter des anticorps dirigés contre le virus Sars-Cov-2. Ils ne servent qu'à indiquer si le patient a développé des anticorps contre ce virus en particulier, signifiant qu'il a été en contact avec lui. Comme les tests RT-PCR, ils sont spécifiques à ce virus.

En France, les tests sérologiques Sars-Cov-2 doivent avoir une spécificité d'au moins 98%

L'autre critère de fiabilité des tests s'appelle la sensibilité, c'est-à-dire la capacité du test à détecter le virus, même présent en faible quantité. 

Les tests sérologiques Sars-Cov-2 doivent avoir une sensibilité d'au moins 90%. 

Quant aux tests RT-PCR, leur "sensibilité clinique" (c'est-à-dire en conditions réelles) est estimée à 70%, note Cédric Carbonneil, de l'HAS.  Cette moyenne tient compte de deux facteurs indépendants de la fiabilité de la technique elle-même, explique l'immunologiste : "les prélèvements mal réalisés" d'une part et "la migration" du virus de la zone nasopharyngée aux poumons lorsque la pathologie est avancée.

Dans ces cas, cela peut aboutir à des "faux négatifs" : le patient a été détecté négatif alors qu'il est porteur, risquant alors potentiellement de transmettre le virus à d'autres personnes.

"En soi, la technique d’amplification de la PCR est très sensible", renchérit Jean-Paul Feugeas, président SNMB-CHU (Syndicat national des médecins et biologistes des Centres hospitaliers universitaires) le 9 septembre. Conséquence, quand le prélèvement a été bien fait, cette technique détecte des quantités de matériel génétique qui peuvent être infimes.

Les résultats de RT-PCR transmis par les laboratoires d'analyses ne précisent que si le patient est positif (du matériel génétique du Sars-Cov-2 a été décelé dans l'échantillon) ou négatif (pas de matériel génétique détecté) : on ne sait pas si la quantité de virus est élevée ou non. 

Toutefois, on ne sait pas à ce jour s'il y a une corrélation entre charge virale et gravité des symptômes. Une étude publiée en mars, dans le Lancet suggère un lien, mais il n'y a pas eu depuis de confirmation ni de consensus scientifique. D'ailleurs, une étude publiée début août dans la revue américaine Jama Internal Medicine, va plutôt dans le sens inverse.

Comme rapporté dans cette dépêche AFP, sur 303 personnes étudiées en Corée du Sud, 29% des patients contaminés par le nouveau coronavirus n'avaient jamais développé de symptômes, mais portaient en eux autant de virus que les personnes symptomatiques.

L'enseignement principal est que les concentrations de virus chez les asymptomatiques sont "similaires à celles des patients symptomatiques", rapportent les auteurs, ce qui semble exclure l'idée que les symptômes seraient forcément corrélés à la charge virale.

Actuellement, on ne sait pas non plus à quel niveau de charge virale le patient serait ou non encore contagieux, rappelle le Dr Carbonneil, de l'HAS.

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