Attention à ces affirmations trompeuses sur les résultats des tests PCR

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Une vidéo partagée plus de 30.000 fois sur Facebook depuis le 11 mars affirme que la trop forte sensibilité des tests PCR entraînerait de nombreux cas "faiblement" positifs au Covid-19 et que ces personnes ne seraient "pas vraiment malades". Mais plusieurs experts interrogés par l'AFP ont expliqué que même avec une charge virale faible, les personnes positives peuvent être contagieuses et avoir des symptômes. Par ailleurs, les seuils de positivité des tests, mis en cause par l'auteure de la vidéo, varient d'une technique de prélèvement à l'autre.

"Un Ct au-dessus de 25, ça ne veut rien dire", déclare une utilisatrice Facebook dans une vidéo partagée 19.000 fois depuis le 11 mars, puis relayée de nombreuses fois (1, 2, 3) par différentes pages à plusieurs dizaines de milliers d'abonnés.

Capture d'écran de la vidéo live de l'utilisatrice Facebook dont les propos sont vérifiés dans cet article, prise le 17/03/2021.

L'auteure se présente comme ayant été infirmière en laboratoire dans la région de Nice. Elle affirme avoir travaillé sur un plateau technique et dit avoir fait "bien plus" de 1.000 tests PCR en trois mois.

Sur son profil Facebook, il est possible de trouver une vidéo qualifiant le Covid-19 de "coronacircus" et contenant des fausses informations déjà vérifiées par l'AFP ou une publication s'opposant à la vaccination.

Dans sa vidéo, elle montre différents résultats de tests de détection du Covid-19. Sur ces documents, on peut lire que l'une des deux procédures de test pour détecter la présence du virus a nécessité plus de 33 cycles d'amplification pour un résultat "positif".

Capture d'écran des résultats de tests "d'amplification génique et moléculaire" produits par le logiciel histone et évoqués dans la vidéo Facebook, prise le 17/03/2021.

Comment fonctionnent les tests PCR ?

Des experts ont déjà expliqué dans des articles de l'AFP, notamment ici, que les tests PCR sont fiables et que les résultats "faux positifs" (quand le test ressort positif alors que le patient n'est pas contaminé) sont extrêmement rares et liés en général à de mauvaises manipulations.

Pour pouvoir détecter même de petites quantités de virus, le test RT-PCR amplifie son matériel génétique un certain nombre de fois, à des températures différentes : on parle de cycles d'amplification ou "Ct", comme l'expliquait l'AFP en septembre 2020. Plus il faut de cycles, moins il y a de quantité de virus et inversement. 

Dans les résultats papiers donnés aux patients, le nombre de cycles n'est pas indiqué, seulement la présence ("positif") ou non ("négatif") de virus dans l'échantillon, sans estimation quantitative.

Cette vidéo des Hôpitaux universitaires de Genève explique comment fonctionne le test PCR :

Des chiffres qui ne prouvent rien

"Le seuil de 25 [dénoncé par l'auteure de la vidéo, NDLR] ne veut pas dire grand-chose à partir du moment où on ne sait à quelle courbe d'étalonnage cela correspond", a affirmé à l'AFP Mireille Ansaldi, directrice de recherche CNRS et experte en microbiologie, génétique et génomique fonctionnelle, contactée le 17 mars.

Ces échantillons contiennent une quantité de virus connue pour permettre ensuite "d'interpréter (le Ct)" à partir de ces données, a dit Mme Ansaldi.

Il faut également connaître la valeur du "contrôle négatif", autre outil essentiel de référence.

En absence de trace de virus, le Ct obtenu avec ce test doit être très élevé pour "permettre de donner un seuil à partir duquel on détermine que c'est négatif", explique Mme Ansaldi.

Mais "dans les images publiées sur Facebook, on ne connaît pas la valeur des contrôles négatifs", a-t-elle regretté. C'est le travail du biologiste d'interpréter le résultat en fonction de sa courbe étalon et de la valeur du contrôle négatif.

"Si le biologiste estime qu'à 33 son échantillon rentre dans la courbe et que ce Ct est inférieur à la valeur de Ct des contrôles négatifs, c'est que le résultat est bien positif même si ce n'est que faiblement", affirme Mme Ansaldi.

"Un Ct à 33 ne correspond pas un faux positif mais un positif faible", confirme Loïc Regnault, biologiste au sein du laboratoire Espacebio à Metz. "La personne est probablement moins contagieuse mais cela reste un positif qui doit être pris en compte."

Par ailleurs, la machine réalisant l'analyse interprète en fonction de la gamme étalon qu'elle a réalisée : "Deux machines peuvent donc donner des Ct sensiblement différents si les calibrages internes de celles-ci, les réactifs et les courbes étalons sont différents", conclut l'experte.

Un agent de santé organise des échantillons de tests PCR Covid-19 dans un centre de test de dépistage Covid-19 à Nantes, le 18 janvier 2021. (AFP / Loic Venance)

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a mis en ligne le 20 janvier une mise à jour (datée du 13 janvier) de l'une de ses recommandations aux laboratoires pour leur rappeler d'utiliser les machines d'analyse des tests PCR conformément au mode d'emploi des fabricants pour éviter les erreurs.

L'OMS ne recommandait pas de diminuer le nombre de cycles d'amplification mais de vérifier que la machine était bien calibrée, comme expliqué dans ce précédent article de vérification. 

Contacté par l'AFP jeudi 17 mars, la Société Française de Microbiologie (SFM) a estimé que la démonstration faite dans la vidéo n'avait "aucun fondement scientifique" et que "les microbiologistes/virologues médicaux sont à même de parfaitement interpréter les résultats des techniques utilisées selon leurs connaissances, leur expertise et les données des fabricants".

Peu de virus ne veut pas dire pas contagieux

Le rendu d'un résultat comme positif en PCR avec une valeur de Ct élevée ne donne "pas d'indication sur la contagiosité", selon Mireille Ansaldi.

Même avec peu de virus, les personnes testées positives peuvent avoir des symptômes ou être contagieuses bien qu'on ignore à ce jour où se situerait exactement le seuil minimal de charge virale pour être symptomatique ou contagieux.

De plus, cette charge virale évolue. Un patient testé avec peu de charge virale pourra en avoir davantage deux jours plus tard.

"Les personnes infectées peuvent transmettre le virus à la fois lorsqu'elles présentent des symptômes et lorsqu'elles n'ont pas de symptômes", a indiqué l'OMS sur son site.

Le personnel médical effectue des tests de PCR COVID-19 dans un "Partybus" converti en un laboratoire mobile au Danemark, le 23 février 2021. (AFP / Mads Claus Rasmussen)

La SFM expliquait, dans un avis publié le 25 septembre 2020 et mis à jour le 6 octobre suivant, que la qualité de la réalisation du prélèvement affecte aussi le résultat. Si le prélèvement naso-pharyngé contient peu de cellules, "la charge virale est sous-estimée."

"On ne connaît pas aujourd'hui la valeur seuil qui pourrait dire 'vous êtes encore contagieux ou pas'", avait expliqué à l'AFP le Dr Carbonneil, chef du service d'évaluation des actes professionnels de la Haute autorité de santé (HAS), contacté le 9 septembre dernier.

En d'autres termes, on ne sait pas, pour l'heure, s'il y a une corrélation entre charge virale et gravité des symptômes.

"Le nombre de cycle, on s'en fiche"

Selon la SFM, la valeur Ct "peut être variable selon le processus analytique ou selon la technique de RT-PCR utilisée." Elle ajoute que "cette valeur est généralement comprise entre 10 et 45", qui confirme que "les comparaisons entre techniques est donc complexe.

Elle a établi un tableau de correspondance entre une cinquantaine de techniques PCR et la technique de référence établie par le Centre National de Référence de l'Institut Pasteur (CNR). La SFM place le curseur entre "excrétion virale significative" et "modérée" à 33 Ct. 

Tableau de correspondance entre une cinquantaine de techniques PCR et la technique de référence établie par le Centre national de référence de l'institut Pasteur, réalisé par la SFM en septembre 2020.

Mais ce seuil de 33 équivaut par exemple à un 36 pour une technologie mais un 25 pour une autre. 

Le nombre de cycles minimum pour détecter le virus ne peut donc pas être normalisé de façon universelle car il existe différentes techniques de RT-PCR, qui n'ont pas toutes besoin du même nombre de cycles pour détecter la même quantité de virus.

"En fait le nombre de cycles, on s'en fiche, tout dépend de la PCR, de la technologie que vous utilisez", avait insisté auprès de l'AFP Vincent Enouf, directeur adjoint du CNR, le 8 septembre 2020. C'est pour cela qu'il n'y pas de seuil de détection, expliquait-t-il.

"Il y a énormément de variables", tout est "calibré par technique" et "ça dépend du kit de PCR utilisé", avait ajouté Jean-Paul Feugeas, président du SNMB-CHU (Syndicat national des médecins et biologistes des Centres hospitaliers universitaires) pour le même article, même si la plupart des technologies ne dépasse pas 40 cycles.

Un technicien de laboratoire utilise un robot de test STRIP-1 pour analyser les tests PCR dans le laboratoire de microbiologie médicale aux Pays-Bas, le 28 janvier 2021. (AFP / Robin Van Lonkhuijsen)

Donc, même si la valeur de Ct était fournie avec les résultats des PCR (ce que la SFM n'a pas jugé nécessaire à cause des variations de techniques et de l'arbitraire de l'échelle de leurs mesures), deux personnes testées positives avec deux techniques différentes ne pourraient pas précisément comparer leurs résultats pour savoir qui a le plus de virus dans son échantillon.

Par ailleurs, même avec ces indications, il y a encore d'autres critères à prendre en compte avant d'en tirer des conclusions sur la contagiosité du patient. 

"Comme tout résultat biologique, l'interprétation qui doit en être faite pour estimer le risque infectieux doit prendre en compte divers paramètres tels que : la symptomatologie présentée par le patient puisque la toux et les éternuements sont les symptômes majoritairement associés à un risque d'aérosolisation dans l'environnement, la date de début des signes cliniques pour les patients symptomatiques, le statut immunitaire individuel et la présence de comorbidités, le conditions environnementales de l'individu", a expliqué la SFM dans son avis.

François D'Astier
CORONAVIRUS