La ville chinoise de Wuhan, où ont été détectés les premiers cas de Sars-CoV-2 ( AFP / HECTOR RETAMAL)

Les origines du Covid : beaucoup d'hypothèses, peu de certitudes

Copyright AFP 2017-2021. Droits de reproduction réservés.

Depuis le début de la pandémie de Sars-Cov-2, virus du Covid-19, nombre de théories et hypothèses autour de ses origines ont fleuri. De nombreux experts ont livré leurs analyses et beaucoup de responsables politiques ont donné leur avis. Le rapport publié fin mars 2021 par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) n'a pas percé définitivement le mystère des origines, posant finalement plus de questions qu'il n'en a résolues. Et même s'il n'y a pas eu de nouveaux éléments probants, les appels à considérer plus sérieusement l'hypothèse d'un accident de laboratoire à Wuhan se multiplient aujourd'hui.

A ce jour, de nombreuses inconnues subsistent, exploitées par le complotisme et la désinformation, et encore compliquées par les enjeux géopolitiques majeurs qui opposent les Etats-Unis et la Chine autour de cette question.

De la chauve-souris au pangolin, de l'accident de laboratoire à la théorie d'un virus fabriqué, l'AFP Factuel fait le point sur ce que l'on sait à ce jour, et, surtout, sur ce que l'on ne sait pas (et que l'on ne saura peut-être jamais) sur les origines d'un virus qui a tué plus de 3,5 millions de personnes dans le monde en près de 18 mois.

Les animaux

Déterminer comment le virus est passé à l'homme est jugé crucial pour tenter d'empêcher la prochaine pandémie.

Dès son émergence, les scientifiques ont pointé du doigt la chauve-souris: le 21 janvier 2020, une étude génétique dans la revue de l'Académie chinoise des sciences la désigne comme "le réservoir" probable du virus. Rien d'étonnant, tant la chauve-souris est un réservoir majeur pour les coronavirus en général. Mais d'emblée ils ajoutent que le Sars-CoV-2 a dû passer par une autre espèce, un "hôte intermédiaire" pas encore connu, avant d'atteindre l'homme.

Le 7 février 2020, des chercheurs de l'Université d'agriculture du sud de la Chine vont désigner un autre animal, qu'ils vont sortir du même coup de l'anonymat : le pangolin.

Selon ces scientifiques, c'est ce petit mammifère à écailles, menacé d'extinction, qui pourrait être l'intermédiaire ayant facilité la transmission du virus à l'humain. Cet insectivore nocturne fait en effet partie des animaux sauvages qui étaient vendus au marché de Huanan de Wuhan, auquel la plupart des premiers cas connus de Covid-19 étaient liés.

Une enquête conjointe d'experts de l'OMS et de scientifiques chinois envoyée à Wuhan en janvier 2021 était chargée d'éclaircir la question des origines et de la transmission à l'homme mais ses conclusions publiées fin mars et disponibles ici (en anglais) ne tranchent pas, plaidant en faveur d'une origine naturelle, probablement la chauve-souris mais sans déterminer l'éventuel "hôte intermédiaire". Ont aussi été évoqués le vison ou le blaireau- furet.

Les experts n'ont par ailleurs pas exclu une autre hypothèse, celle d'une transmission par de la viande surgelée.

Un pangolin, une des espèces soupçonnées d'avoir joué un rôle dans la transmission du virus à l'homme ( AFP / SAM YEH)

Laboratoires, accident, fabrication

Dès les premières semaines de la pandémie début 2020, ont fait surface des théories selon lesquelles le Sars-CoV-2 ne serait pas naturellement passé de l'animal à l'homme mais aurait été fabriqué et/ou se serait échappé accidentellement d'un laboratoire de haute sécurité de Wuhan, connu pour travailler sur des agents pathogènes.

Cette théorie a été relayée très largement sur les réseaux sociaux et même par l'ancien président des Etats-Unis Donald Trump et son administration, en place jusqu'à janvier 2021 et son remplacement par Joe Biden. Cette thèse a donné lieu à des variantes, voulant que le virus aurait même été fabriqué par l'homme et diffusé volontairement, par exemple à des fins de dépopulation.

Avant le Sars-CoV-2, le SRAS de 2003 ou encore Ebola avait aussi fait l'objet de théories similaires.

Un virus fabriqué ?

Le réseau de fact-checking de l'AFP a consacré des dizaines d'articles par exemple (1, 2,3) à des publications qui, sur les réseaux sociaux, affirmaient avoir des "preuves" montrant que le Sars-CoV-2 avait été fabriqué en laboratoire et même breveté par des Américains ou des scientifiques français. Comme expliqué par exemple dans cet article, ces publications présentaient des brevets antérieurs à fin 2019 portant la mention "coronavirus", oubliant qu'il s'agit d'une famille de virus et qu'il existe d'ailleurs de nombreux coronavirus animaux.

Ces publications oubliaient aussi le double sens du mot "inventeur", qui ne veut pas forcément dire "créateur" au sens commun du terme. Même si le terme de brevet évoque le concept d'invention et porte le nom de "l'inventeur" de ce pour quoi on sollicite un brevet, le mot "inventeur" à deux sens.

Selon le Larousse, un "inventeur" est la "personne qui par son ingéniosité invente, imagine, créé quelque chose d'original, (comme) l'inventeur du téléphone" mais aussi celle "qui découvre un trésor, un objet, etc".

Ainsi, quand on parle des "inventeurs" de la grotte de Lascaux, on parle bien des quatre jeunes gens qui l'ont découverte en 1940 et non pas des hommes préhistoriques qui en ont orné les parois. Dans le secteur des brevets et de la propriété intellectuelle, le terme "inventeur" désigne celui qui demande le brevet, par exemple pour protéger une technique de diagnostic à propos d'un virus existant. Le site de l'Institut national de la propriété intellectuelle (INPI) explique ici ce qu'est un brevet et à quoi il sert.

En mars 2020, une vidéo extrêmement virale avait attribué, avec là encore des brevets mal interprétés, la fabrication du Sars-Cov-2 à l'Institut Pasteur.

La théorie d'un virus fabriqué repose aussi de façon récurrente sur l'idée qu'il y aurait dans son génome des "insertions" de matériel génétique d'autres virus, en particulier du VIH, responsable du Sida. Cette idée a notamment été relayée par le Pr Luc Montagnier, lauréat du Prix Nobel de médecine en 2008 mais depuis totalement désavoué par ses pairs. Comme expliqué dans cet article du 26 août 2020, cette théorie émane d'un texte rendu public en janvier sur la plateforme de "prépublications" BioRxiv, où des scientifiques peuvent déposer leurs travaux avant éventuelle publication dans une revue et donc leur relecture et validation par leurs "pairs".

Ce texte - qui évoque des similitudes entre le virus du sida, le VIH et le Sars-CoV-2 - a fait l’objet de vives critiques de la part de la communauté scientifique, au point qu’il a ensuite été retiré par ses auteurs, expliquant que ces similitudes relevaient du hasard.

"Cela n'a pas de sens. Ce sont de tout petits éléments que l'on retrouve dans d'autres virus de la même famille, d'autres coronavirus dans la nature", expliquait en avril 2020 à l'AFP le virologue Etienne Simon-Lorière, responsable de la structure génomique évolutive des virus ARN à l'Institut Pasteur.

De nombreux scientifiques avaient pris la parole pour estimer que l'hypothèse d'un virus naturel était la plus probable, comme ici cette tribune de scientifiques publiée le 19 février 2020 dans le Lancet, soulignant que l'analyse du génome du virus par des équipes du monde entier "concluaient que le coronavirus avaient une origine naturelle" car des modifications artificielles (comme des insertions de code génétique d'un autre virus) se verraient dans son génome.

C'est aussi ce que dit cet article de mars 2020 dans la revue Nature, qui, analyse du génome à l'appui, estime qu'il est "improbable que le SARS-CoV-2 soit apparu via une manipulation de laboratoire d'un autre virus coronavirus de type SARS" et privilégie une origine naturelle.

"Tous les éléments de son génome ont déjà été observés dans la nature, principalement dans des coronavirus de chauve-souris. Il n'y a donc aucune indication qu'il ait pu être fabriqué par l'Homme", abonde Etienne Simon-Lorière, interrogé par l'AFP en décembre 2020.

( AFP / JOEL SAGET)

"Ce qui est clair à mes yeux, c'est que des théories complotistes disant que dans le génome du coronavirus, il y avait d'autres séquences d'autres virus, comme le VIH et que c'était la preuve d'une manipulation, ça reste totalement infondé", a aussi souligné le Pr Olivier Schwartz, de l'institut Pasteur, interrogé par l'AFP le 31 mai 2021.

"Ce qui est clair aussi, c'est que le virus vient d'une espèce animale, probablement une chauve-souris", sachant qu'il existe de très nombreuses espèces de chauve-souris et de types de coronavirus. "Il est clair qu'il est passé de l'animal à l'homme, ce qu'on appelle un saut de barrière d'espèce. Le plus plausible étant que cela se soit fait de façon naturelle", insiste-t-il.

En janvier 2021, la virologue américaine Angela Rasmussen, du Center for Global Health Science and Security de Georgetown University à Washington, avait souligné dans une tribune de Nature Medecine qu'il "n'y a pas de preuve crédible que le Sars-CoV-2 était connu des virologues avant son émergence en décembre 2019, et toutes les indications laissent penser que comme le SRAS, et le MERS (un autre coronavirus respiratoire repéré au Moyen-Orient en 2012, NDLR) , le virus a probablement évolué dans une chauve-souris avant qu'un événement inconnu entraîne sa transmission aux humains".

Elle juge aussi peu vraisemblable l'idée d'une manipulation de type "gain de fonction" (on modifie des gènes de virus pour tenter de le rendre plus pathogène ou plus transmissible par exemple, pour étudier et comprendre le fonctionnement du virus, technique appelée "génétique inverse") car ces recherches -à cause de leurs dangers possibles- sont très surveillées et auraient peu de chances de passer "sous les radars".

"Les analyses génétiques des séquences (du Sars-Cov-2) ne semblent pas montrer quelque chose qui pourrait relever d'une manipulation génétique, que ce soit un gain de fonction ou pas", dit encore le Pr Schwartz le 31 mai 2021. De plus, ajoute-t-il, "introduire des mutations dans un virus, surtout pour un coronavirus entier, c'est très complexe, c'est à mes yeux technologiquement improbable".

Un accident de laboratoire ?

Si la thèse d'une fabrication est jugée extrêmement improbable, celle d'un virus naturel mais échappé d'un laboratoire - une thèse de toute façon très difficilement vérifiable - est relancée depuis plusieurs semaines aux Etats-Unis et les appels - y compris dans la communauté scientifique - se multiplient pour appeler à investiguer plus avant, sans qu'à ce jour des preuves de cette hypothèse aient été apportées.

"Il n'y a pas un élément factuel nouveau qui fait pencher la balance dans un sens ou dans un autre", relève le Pr Olivier Schwartz, de l'Institut Pasteur le 31 mai 2021.

Mais de nombreuses déclarations publiques sèment la confusion.

L'enquête de début 2021 des experts de l'OMS et scientifiques chinois avaient jugé, dans ses conclusions publiées en mars, "extrêmement improbable" un accident de laboratoire. Mais le patron de l'OMS lui-même, Tedros Adhanom Ghebreyesus, avait ensuite réclamé une nouvelle enquête sur cette hypothèse et affirmé que les experts internationaux lui "avaient fait part de leurs difficultés à accéder aux données brutes" pendant leur séjour en Chine, alimentant encore la suspicion.

Le directeur général de l'OMS Tedros Adhanom Ghebreyesus le 3 juillet 2020 ( AFP / FABRICE COFFRINI)

Dans la foulée, les Etats-Unis et 13 pays alliés, dont le Royaume-Uni, Israël et le Canada, avaient exprimé leurs "préoccupations" dans une déclaration commune, réclamant à la Chine de donner "pleinement accès" à ses données.

L'UE de son côté avait pointé du doigt "le démarrage tardif de l'enquête, le retard dans le déploiement des experts (en Chine) et la disponibilité limitée des spécimens et données" remontant aux débuts de la pandémie.

Sujet relancé mi-mai, avec la publication par une quinzaine d'experts ont publié une tribune dans la prestigieuse revue Science. "Nous avons besoin de davantage de recherches pour déterminer l'origine de la pandémie", écrivaient-ils, estimant que les théories d'une origine animale ou accidentelle en laboratoire "restent toutes les deux viables", mais sans qu'il "il ne leur a(it) été donné une considération équitable". Les deux hypothèses "doivent être considérées sérieusement jusqu'à ce que nous ayons suffisamment de données", disaient-ils aussi.

"Beaucoup d'entre nous pensent qu'il est plus probable qu'il s'agisse d'un événement naturel (...) mais nous n'avons pas de réponse à 100% à cette question", disait le 25 mai 2021 l'américain Anthony Fauci, immunologue et conseiller de la Maison Blanche. "Nous sommes convaincus, tous, que nous devrions continuer l'enquête", avait-il ajouté.

A ce jour, il n'existe pas de preuves accréditant la thèse de l'accident de laboratoire mais "tant qu'on n'aura pas trouvé l'hôte (animal) intermédiaire, cette hypothèse d'un échappement accidentel ne peut être écartée", estimait fin 2020 le virologue Etienne Decroly sur le site du centre français de recherche CNRS.

"C'est un scénario qu'on est obligé de lister, même si ça semble peu plausible en pratique, car ça supposerait beaucoup de cachotteries et de mensonges", jugeait Etienne Simon-Lorière, dans cette dépêche AFP du 1er décembre 2020.

Le Pr Olivier Schwartz, de l'Institut Pasteur, explique aussi le 31 mai 2021 que "théoriquement, le contact aurait pu avoir lieu dans un laboratoire où des chauve-souris ou des virus de chauve-souris sont étudiés. Des virus ont pu être prélevés, mis en culture et là, quelqu'un du laboratoire aurait pu l'attraper s'il n'était pas protégé", même si, insiste-t-il, l'hypothèse naturelle est toujours la "plus probable".

Diplomatie et géopolitique

Le sujet est d'autant plus épineux qu'il est inextricablement mêlé à des enjeux géopolitiques majeurs, en particulier entre Pékin et Washington, les deux pays ayant un intérêt politique à désigner l'autre comme responsable de la crise, un brouhaha diplomatique qui contribue à la confusion.

Qu'il s'agisse de l'origine du Covid, du moment où elle a choisi de donner l'alerte à l'OMS ou plus globalement de sa gestion des premiers temps d'épidémie, la Chine est de toute façon accusée par les pays occidentaux de manque de transparence voire de dissimulation. Il est par exemple reproché à Pékin d'avoir empêché, jusqu'en janvier 2021, des enquêteurs internationaux, dans le cadre de la mission d'enquête de l'OMS, de se rendre à Wuhan, un an après les premiers cas détectés.

Au printemps 2020, c'est d'ailleurs sur fond de tensions diplomatiques avec la Chine que le président américain Donald Trump avait affirmé que le virus avait pu accidentellement s'échapper d'un laboratoire de Wuhan. La Chine avait rejeté ces accusations et elle-même évoqué la thèse d'un laboratoire... américain.

Donald Trump le 4 novembre 2020 ( AFP / MANDEL NGAN)

Dans sa tribune de janvier 2021 dans Nature Medecine, la virologue Angela Rasmussen relevait aussi que les "histoires autour de l'origine via un laboratoire ont retrouvé une existence en tant que propagande politique, avec de vastes implications, très néfastes".

Dès avril 2020, le New York Times avait d'ailleurs consacré cet article à la guerre de communication et du renseignement entre les deux superpuissances autour de l'hypothèse des labos, évoquant des pressions de l'administration Trump pour pousser la thèse du laboratoire chinois auprès des services de renseignements américains.

Un an après, malgré l'éviction de Donald Trump de la Maison Blanche, cette guerre diplomatique fait toujours rage, comme expliqué notamment dans cette dépêche de l'AFP- "Poursuite de l'enquête sur les origines du Covid, un exercice diplomatique de haute volée" du 22 avril 2021.

Mi-avril, des déclarations de responsables du renseignement américain avaient confirmé qu'ils n'avaient pas écarté l'hypothèse de l'accident de laboratoire sans pour autant mentionner de preuves ou d'éléments nouveaux.

"La communauté du renseignement ne sait pas exactement où, quand, ni comment le virus du Covid-19 a été transmis initialement", selon la directrice du renseignement, Avril Haines, devant une commission du Sénat, mentionnant les "deux théories" : un contact humain avec des animaux infectés ou l'accident de laboratoire.

"Nous en sommes là", avait-elle ajouté "mais nous continuons à travailler sur cette question".

"Nous faisons tout ce que nous pouvons et nous utilisons toutes les ressources à notre disposition pour faire toute la lumière là-dessus", avait renchéri le directeur de la CIA, William Burns.

Mais "ce qui est clair pour nous et nos experts, c'est que les dirigeants chinois n'ont pas été complètement francs ou transparents dans leur coopération" avec l'OMS, selon Willam Burns.

L'Institut de virologie de Wuhan en mai 2020 ( AFP / HECTOR RETAMAL)

La théorie est de nouveau relancée en mai, suite à un article de presse.

Le 23, un article du Wall Street Journal (WSJ) a relancé les spéculations. Disant se baser sur un rapport du renseignement américain, le quotidien américain affirme alors que trois chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan ont été hospitalisés avec des "symptômes compatibles" avec le Covid - mais aussi avec ceux d'une "infection saisonnière" classique- dès novembre 2019 , c'est-à-dire avant l'apparition officielle de la maladie selon Pékin.

La Chine a alors rejeté ces affirmations, qualifiées de "totalement fausses" et évoqué des "théories complotistes". Une nouvelle fois, la contre-attaque a consisté à évoquer l'hypothèse d'un laboratoire américain, en appelant à "enquêter sur la base militaire de Fort Detrick, ainsi que dans tous leurs laboratoires biologiques dans le monde".

Avant l'article du WSJ du 23 mai, le fait que des chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan étaient tombés malades fin 2019, avec des "symptômes compatibles avec à la fois le Covid-19 et une infection saisonnière classique" avait déjà été publiquement avancé le 15 janvier 2021 par le renseignement américain dans cette communication disponible ici sur le site du Département d'Etat.

Le 26 mai 2021, le président américain Joe Biden lui-même est revenu sur le sujet et appelé les services de renseignement américains à "redoubler d'efforts" pour expliquer l'origine du Covid-19, déplorant une nouvelle fois le manque de coopération et de transparence de Pékin. "J'ai demandé aux services de renseignement de redoubler d'efforts pour rassembler et analyser les éléments qui pourraient nous rapprocher d'une conclusion définitive", soulignait le locataire de la Maison Blanche, précisant qu'il attendait des conclusions d'ici 90 jours.

Selon le président américain, l'impossibilité pour les autorités sanitaires américaines de se rendre sur le terrain en Chine début 2020 "entravera toujours toute enquête sur l'origine du Covid-19".

Pékin a évidemment contre-attaqué dans la foulée, soulignant que "l'équipe d'enquête conjointe de l'OMS a jugé +extrêmement improbable+ la théorie d'une fuite de laboratoire", comme le rapporte cette dépêche de l'AFP du 27 mai 2021. "Cette fois, les Etats-Unis tentent d'utiliser les services de renseignement pour mener une soi-disant enquête [...] mais l'histoire sombre du renseignement américain est connue depuis longtemps par le monde entier", avait aussi plaidé Pékin.

Quoi qu'il en soit, rien ne dit qu'on trouvera la réponse, pensent de nombreux experts. "L'introduction d'un nouveau virus dans la population humaine est l'un des plus grands mystères qu'un épidémiologiste puisse espérer éclaircir", a estimé l'OMS. "C'est un jeu de piste très aléatoire. Pour Ebola, on n'a jamais réussi à trouver", expliquait Etienne Simon-Lorière dans cette dépêche AFP du 1er décembre 2020.

COVID-19