Les tests PCR utilisés pour détecter le Sars-Cov-2 sont spécifiques à ce virus

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En janvier, des internautes français et belges ont partagé une liste de "52 virus" en affirmant qu'ils rendaient positifs les tests PCR destinés à détecter le virus responsable du Covid-19. C'est faux, ont expliqué plusieurs médecins à l'AFP: les tests PCR pratiqués actuellement détectent bien spécifiquement le Sars-Cov-2. De plus, si certaines notices de test contiennent une liste similaire à celle partagée par les internautes, c'est justement pour démontrer que les tests PCR ne détectent pas ces agents pathogènes.

Il s'agit de la "liste des 52 virus pouvant provoquer un test PCR positif (sans être Covid)", affirment des internautes qui énumèrent plusieurs agents pathogènes (virus de la grippe, adénovirus, entérovirus...) qui seraient détectés par les tests PCR destinés au coronavirus et fausseraient donc le résultat de ces derniers.

Capture d'écran réalisée le 31/01/2022 sur Facebook

Cette liste a été partagée par des internautes en français, mais également en anglais et en espagnol et a fait l'objet d'une vérification par l'AFP au Chili.

Comme l'ont expliqué plusieurs médecins et scientifiques à l'AFP à plusieurs reprises - notamment dans de précédents articles de vérification, comme ici ou ici -, les tests PCR détectent spécifiquement le virus responsable du Covid-19, le Sars-CoV-2. La spécificité est la capacité d'un test à bien identifier un virus en particulier et à ne pas le confondre avec un autre pathogène.

L'AFP a par ailleurs retrouvé une notice de test PCR qui contient une liste de différents virus, destinée justement à montrer que les autres virus ne sont pas détectés par les tests.

De plus, les agents pathogènes contenus dans cette liste ne sont pas tous des virus, contrairement à ce qu'affirment ces publications: plusieurs, comme les légionelles ou les bordetella, sont des bactéries.

Les tests PCR détectent spécifiquement le virus responsable du Covid-19

Il existe différents types de test pour détecter le Sars-CoV-2. Les tests PCR, comme l'explique le site de l'Agence fédérale des médicaments belge (AFMPS), sont réalisés par prélèvement nasopharyngé et analysés en laboratoire.

Ils permettent de déterminer si un patient est porteur ou non du virus à l'instant T en cherchant "des régions du génome qui sont spécifiques" à ce virus, expliquait déjà en septembre 2020 Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre national de référence des virus des infections respiratoires de l'Institut Pasteur, interrogé par l'AFP.

Techniquement, il s'agit de transcrire du matériel génétique du virus (de l'ARN) en ADN puis de l'amplifier en plusieurs cycles – à des températures différentes – pour pouvoir détecter même de petites quantités de matériel génétique.

Les agents pathogènes présents sur la liste partagée par les internautes ont, comme le virus responsable du Covid-19, "un génome à ARN", a expliqué à l'AFP Ricardo Soto, directeur du programme de virologie de l'université du Chili, interrogé le 26 janvier 2022. Cependant, "le test PCR détecte les segments d'ADN d'une manière qui est spécifique à la séquence recherchée", en l'occurrence celle du Sars-CoV-2, a-t-il précisé.

Comme expliqué sur le site de l'institut Pasteur, les tests PCR utilisent plusieurs séquences du génome du Sars-CoV-2 pour le détecter. "On garantit la spécificité du test en fonction de ces séquences", a expliqué à l'AFP Michel Moutschen, chef du service infectiologie et professeur en immunopathologie à l'université de Liège. "Or les séquences des tests PCR sont extrêmement précises, à l'inverse des techniques de détection des anticorps, qui peuvent parfois détecter plusieurs microbes différents. Il y a 30 000 nucléotides dans le génome du Sars-CoV-2, leur séquence constitue une carte d’identité vraiment unique. En ciblant trois séquences très spécifiques du génome (du coronavirus), les PCR éliminent tout risque de réaction croisée", a-t-il déclaré le 31 janvier 2022.

"Les tests PCR sont extrêmement spécifiques, à condition qu'ils aient été développés et validés correctement ce qui est une condition des laboratoires et des entreprises", a confirmé à l'AFP Jean-Luc Gala, professeur à l'université de Louvain et co-auteur d'un article paru en mai 2020, sur les méthodes de diagnostics du Covid-19, "on ne peut pas détecter d'autre virus".

Selon Vivian Luchsinger, virologue à l'Université du Chili, interrogée par l'AFP le 26 janvier 2022, "pour qu'un kit de diagnostic puisse être utilisé, il doit avoir franchi de nombreux obstacles, c'est-à-dire qu'il doit avoir démontré qu'il détecte ce que nous recherchons".

Les internautes qui partagent cette liste affirment par ailleurs que celle-ci est "imprimée dans les instructions pour les tests PCR".

Selon Álvaro Fajardo, docteur en sciences biologiques et chercheur au Laboratoire d'évolution expérimentale des virus de l'Institut Pasteur d'Uruguay, cette liste correspond probablement aux agents pathogènes avec lesquels les kits de tests ont été testés: "Il est très courant que les kits PCR aient une liste d'agents pathogènes testés qui ne sont pas reconnus par ce kit, et ce sont des agents pathogènes qui peuvent générer un tableau similaire à celui que vous recherchez. C'est une façon de démontrer que le kit est hautement spécifique pour détecter le Sars-CoV-2", a-t-il indiqué à l'AFP le 26 janvier 2022.

L'AFP a retrouvé une liste d'agents pathogènes similaire à celle des publications vérifiées dans le mode d'emploi du test PCR du fabricant Eurobio Scientific: on voit que les tests ont été testés sur plusieurs virus et sont presque tous revenus négatifs. L'entreprise conclut donc à une spécificité de 98,6% de ses tests RT-PCR.

La présence de listes similaires dans les notices de kits de tests signifie bien que ceux-ci ne détectent pas d'autres virus ou bactéries, a confirmé à l'AFP Cédric Carbonneil, chef du service évaluation des actes professionnels à la Haute autorité de santé (HAS), interrogé le 3 février 2022.

En France, les tests PCR ont actuellement une spécificité de 99% en moyenne, a indiqué Cédric Carbonneil. "On a anticipé l'arrivée des variants. Les tests PCR en France ont au moins deux cibles", ce qui leur permet de détecter le virus même si celui-ci mute. "Si vous avez un variant qui mute à l'endroit où le test le cherche, vous allez avoir un faux négatif. C'est pour ça qu'il y a deux cibles", a-t-il expliqué, assurant "on n'a jamais eu de problème de spécificité avec les tests PCR".

Les tests PCR utilisés en Belgique ont, eux, une spécificité comprise "entre 96% et 99% en moyenne", a déclaré à l'AFP Jean-Luc Gala, ce qui rend rarissimes les résultats "faux positifs", contrairement à ce qui est affirmé dans ces publications.

Traduction et adaptation :
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