(AFP / Jeff Pachoud)

Covid-19 : tester par la salive plutôt que le nez ? Attention aux publications trompeuses

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Des publications Facebook partagées plusieurs milliers de fois depuis début juillet mettent en doute la pertinence des tests nasopharyngés, qui nécessitent un prélèvement par le nez pour diagnostiquer le Covid-19, sous-entendant que des tests salivaires seraient plus efficaces. En l'état actuel des connaissances, les tests nasopharyngés restent la méthode la plus fiable, expliquent à l'AFP des virologues. En Belgique, des scientifiques recommandent d’utiliser les tests salivaires "dans le cas de campagnes de dépistage systématique"

"Je me demande pourquoi ils t'enfoncent un Qtip dans le nez jusqu'à l'arrière de la tête pour recueillir un échantillon de Covid-19, quand ils prétendent qu'une simple goutte de salive a le potentiel d'infecter un village complet", indique ce visuel, relayé sur de nombreuses pages Facebook.

Capture d’écran réalisée sur Facebook le 25 septembre 2020

Ces publications ont été partagées en Belgique, en Suisse ou encore au Canada. Des publications similaires, avec une illustration différente, ont également été partagées plusieurs milliers de fois, notamment en France, depuis début juillet.

Les internautes qui partagent ce texte, comme celui-ci, s’interrogent : "Pourquoi ne pas pratiquer un test salivaire puisque nos postillons sont contagieux ?" 

Capture d’écran réalisée le 24 septembre 2020 sur Facebook

Ces publications sont trompeuses. Les scientifiques belges et français contactés par l’AFP au cours des derniers mois s’accordent à dire que les tests PCR naso-pharyngés sont plus précis que les tests salivaires. Cependant, ces derniers peuvent être utilisés sous certaines conditions. 

Les tests naso-pharyngés sont plus efficaces que les tests salivaires

Le test de référence actuellement utilisé en France et en Belgique est le test RT-PCR (ou "virologique"). Cette technique cherche du matériel génétique du Sars-Cov-2 dans un prélèvement naso-pharyngé (c’est-à-dire dans le nez et dans le pharynx). Il permet de savoir si, au moment du prélèvement, une personne est infectée par le virus. 

"Il s’agit d’un prélèvement nasal profond pour recherche du virus par biologie moléculaire (...), réalisé à l’aide d’un écouvillon (sorte de long coton tige)", explique sur son site internet le CHU de Rouen.

Techniquement, il s'agit de transcrire du matériel génétique du virus (de l'ARN) en ADN puis de l'amplifier en plusieurs cycles – à des températures différentes – pour pouvoir détecter même de petites quantités de matériel génétique. 

En Belgique,  le nombre de tests est évalué à 200.000 par semaine selon cette dépêche datée du 18 septembre. En France, les chiffres officiels indiquent qu’environ un million de tests PCR par semaine sont actuellement réalisés. 

Un test PCR peut également se faire sur un prélèvement salivaire, une technique plus simple et moins désagréable. La salive est prélevée grâce à un crachat simple ou directement dans la bouche. Ce test peut-être réalisé "par auto-prélèvement ou supervisé par un professionnel de santé", explique la Haute Autorité de Santé (HAS) française. 

Cependant, ce type de test est considéré comme moins efficace par les spécialistes interrogés par l’AFP. "Les échantillons salivaires sont un peu moins riches en matériel viral que ceux obtenus avec les autres types de prélèvements, comme les prélèvements nasaux ou nasopharyngés", expliquait ainsi à l'AFP début juillet le Pr Olivier Schwartz, virologiste et responsable de l'unité Virus et immunité à l'Institut Pasteur.

Les prélèvements nasopharyngés, qui nécessitent d'aller "assez loin par le nez" pour atteindre la gorge, peuvent être "assez douloureux", mais "ils sont plus efficaces car ils sont réalisés dans les zones où le virus se multiplie le plus", soulignait le Pr Schwartz. 

La fiabilité des tests se définit selon deux critères : la spécificité - c'est-à-dire leur capacité à bien détecter le Sars-CoV-2 et pas autre chose, et la sensibilité, c'est-à-dire leur capacité à repérer du virus même en très petite quantité.

"Jusqu'à présent, on a toujours dit que les tests salivaires sont moins sensibles. La salive n'est pas un milieu très facile. Il y a des tas d'enzymes, des tas de choses qui peuvent perturber" le test, avait abondé Liliane Grangeot-Keros, virologue et secrétaire perpétuelle de l'Académie nationale de pharmacie, interrogée le 10 juillet. 

"Les tests RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé sont aujourd’hui considérés comme la technique de référence pour les virus respiratoires. Elle dépasse en sensibilité et souvent aussi en spécificité l’ensemble des autres tests conventionnels pour la détection des pathogènes (tests antigéniques, culture des virus), quelle que soit la technique de prélèvement"écrivait début mai le Centre national de référence (CNR) pour les virus respiratoires de l'Institut Pasteur. 

Une analyse de différentes études réalisée par des scientifiques hongrois et publiée le 4 août 2020 dans la revue médicale en ligne Frontiers of Medicine a montré que les prélèvements nasopharyngés possèdent une sensibilité de détection de 98%, contre 91% pour les prélèvements salivaires. Soit un risque de faux négatifs moindre avec les tests nasopharyngés.

"Les tests salivaires constituent une alternative prometteuse aux prélèvements nasopharyngés pour le diagnostic du Covid-19. Toutefois, des recherches complémentaires sont nécessaires pour améliorer leur précision et leur sensibilité", jugeaient alors les auteurs de cette analyse.

Les tests salivaires peuvent être utilisés sous certaines conditions

En Belgique, l’Agence fédérale des médicaments et des produits de santé (AFMPS) est chargée d’évaluer l’efficacité des tests. 

Le 6 août 2020, elle a publié une étude qui concluait que "les échantillons de salive sont moins efficaces que les échantillons naso-pharyngés pour détecter la présence de l'ARN du Sars-CoV-2. En pratique, les sujets ayant une faible charge d'ARN viral sont détectables par un échantillon naso-pharyngien classique, mais pas par un échantillon de salive." 

Cependant, les scientifiques soulignent que les échantillons recueillis par tests salivaires et par prélèvements naso-pharyngés concordent fortement ("jusqu'à 97% de concordance") "chez les personnes ayant une charge virale moyenne à élevée""principalement dans le cas des échantillons de salives prélevées avec un récipient à salive".

Cette charge virale "moyenne à élevée" étant selon eux "probablement associée à la phase active précoce de l'infection et au risque de propagation du virus infectieux dans l'environnement", les scientifiques belges estiment donc que le prélèvement de salive suivi d’une amplification par technique PCR pourrait être efficace chez les personnes asymptomatiques avec une telle charge virale,  "dans le contexte de campagnes de dépistage systématique".

L’Université de Liège (Wallonie) a d’ailleurs annoncé une campagne de dépistage par test salivaire de type PCR à la rentrée, avec un objectif de 30.000 personnes testées par semaine parmi les étudiants et le personnel. Ce test a été mis au point avec le centre collectif de l’industrie technologique belge (Sirris). Il permettra, peut-on lire sur le site de l’université, "un gain de temps considérable" et de "traiter un volume nettement supérieur d’échantillons".  

Cette campagne de dépistage doit commencer ce lundi 28 septembre 2020.

 En France, les tests sont évalués par le Centre national de référence des infections respiratoires et doivent respecter les critères définis par la Haute Autorité de Santé (HAS). 

Vendredi 18 septembre 2020, la haute autorité française de santé a rendu un avis favorable à l’utilisation des tests salivaires, mais uniquement sur les personnes présentant des symptômes. L’intérêt, indique le communiqué de presse publié sur le site de la HAS, est de "faciliter les prélèvements, de réduire les risques de contamination du personnel soignant et d’être moins désagréables pour les patients"

La Haute Autorité de Santé rappelle tout de même que"la sensibilité de la détection du génome viral sur prélèvement salivaire est inférieure à celle de la détection sur prélèvement nasopharyngé", et donc que le test naso-pharyngé reste plus efficace que le test salivaire. 

Contrairement aux conclusions de l'étude belge, la HAS ne recommande pas en revanche le test salivaire sur les personnes asymptomatiques, chez qui "on raterait plus de 75 %" des infections en raison de performances insuffisantes, a indiqué la Pr Dominique Le Guludec, présidente du Collège de la Haute Autorité, dont les propos ont été rapportés dans cette dépêche de l’AFP. 

 L’écouvillon ne va pas "jusqu’à l’arrière de la tête"

Cette publication affirme que l’écouvillon utilisé pour réaliser le test va "jusqu’à l’arrière de la tête". S’il est désagréable, ce test PCR est fait à l’aide d’un long coton-tige qui ne touche ni le cerveau ni la barrière hémato-encéphalique (qui isole les cellules cérébrales de la circulation sanguine), contrairement à ce que prétendent régulièrement des publications sur les réseaux sociaux, comme  l’AFP l’expliquait  dans cet article.  

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