Analyses, compléments alimentaires : attention à ces informations trompeuses sur le microbiote
- Publié le 23 janvier 2026 à 14:53
- Lecture : 8 min
- Par : Chloé RABS, AFP France
Sur les réseaux sociaux, de nombreux influenceurs et "coachs" évoquent le microbiote intestinal, un écosystème complexe de micro-organismes dont le rôle sur la santé globale fait l'objet de recherches scientifiques. De nombreuses vidéos alertent notamment sur les signes d'un microbiote déséquilibré et recommandent de réaliser des tests de "dosage" avant de "prescrire" des cures de compléments alimentaires. Cependant, les experts préconisent de se méfier de ces raccourcis: le microbiote intestinal reste avant tout un sujet de recherche. Ils dénoncent d'ailleurs l'inutilité des tests vantés qui ne permettent pas d'établir de diagnostic ni de faire des recommandations.
"Tu ressens des ballonnements, tu digères mal, t’as des fringales constantes ou t’es souvent fatigué ? Ton microbiote est peut-être totalement déséquilibré…" : sur les réseaux sociaux, de nombreuses vidéos d'entreprises, d'influenceurs ou de "coachs" (1, 2) alertent sur les prétendus symptômes et conséquences d'un problème de microbiote.
Ballonnements, fatigue ou acné résulteraient ainsi, selon eux, d'un déséquilibre du microbiote. Ces internautes recommandent ensuite de réaliser des analyses de son microbiote (au prix de plusieurs centaines d'euros) avant de proposer des cures de compléments alimentaires pour le "rééquilibrer" et "l'entretenir".
Cependant, même si les études s'intéressant aux liens entre microbiote intestinal et santé générale se multiplient, il n'existe pas de définition claire d'un "bon" ou d'un "mauvais" microbiote et l'utilité de tests de "bilan intestinal" ou de compléments alimentaires est loin d'être démontrée, insistent les professionnels.
Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?
Un microbiote est "l'ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes, dits commensaux – qui vivent dans un environnement spécifique", détaille l'Inserm (lien archivé ici). Il en existe plusieurs sur le corps : au niveau de la peau, de la bouche, des poumons, etc.
Le microbiote intestinal (aussi appelé flore intestinale) est principalement localisé "dans l’intestin grêle et le côlon", explique l'organisme.
"Le microbiote intestinal s'implante à la naissance et il faut ensuite environ mille jours pour arriver à un microbiote mature, qui va rester à peu près le même tout au long de la vie", explique à l'AFP David Laharie, gastro-entérologue au CHU de Bordeaux, spécialisé dans des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.
Le système se régule tout de même en permanence et de nombreux facteurs externes peuvent le modifier comme l'alimentation, des maladies ou des traitements médicaux. Les antibiotiques réduisent par exemple la qualité du microbiote, mais qui est généralement capable de se rétablir en grande partie tout seul.
Le microbiote est aujourd'hui reconnu comme jouant un rôle sur la santé (digestion, immunité, protection de la muqueuse intestinale...) mais en ce qui concerne les liens éventuels entre déséquilibre du microbiote et diverses maladies, les recherches sont encore en cours.
"Plusieurs études d'association ont été menées sur des maladies comme le diabète, l'obésité, des maladies neurologiques, des maladies psychiatriques... Ce qu'on sait, c'est que chez ces malades, on a un microbiote qui est souvent moins riche et moins varié que chez les non malades. Mais ce ne sont que des associations [sans lien causal établi, NDLR]. Ca ne veut pas dire qu'un microbiote appauvri est la cause de la maladie", prévient M. Laharie.
"Chacun a un microbiote unique"
Quant à la fatigue, l'acné, les ballonnements comme signes d'un déséquilibre du microbiote, comme ce que l'on peut voir sur les réseaux sociaux, M. Laharie appelle à la prudence : "C'est très souvent n'importe quoi, ce sont pleins de symptômes généraux qui n'indiquent pas forcément un problème de microbiote."
"Il faut laisser le temps à la recherche" insiste aussi Julie Rodriguez, chargé de recherche à l'Inserm, qui recommande donc de faire attention au nombreux "raccourcis" sur le sujet. "On a tendance à tout ramener au microbiote, c'est une thématique de recherche qui est très à la mode, mais nous n'avons encore rien de clair, d'établi ou de précis."
"Nous ne sommes pas en mesure aujourd'hui de dire le pourcentage de population qui a un microbiote déséquilibré, tout comme on est incapable de dire le pourcentage de la population qui a un microbiote sain, parce qu'on ne sait même pas ce que c'est un microbiote sain", explique-t-elle.
"Globalement, on sait qu’une faible biodiversité du microbiote intestinal est plutôt un signe de mauvaise composition, mais il n’existe pas de seuils ni d'outils cliniques permettant de dire qu’au-delà d’un certain nombre d’espèces c’est 'bon', et qu’en-deçà c’est 'moins bon'.. Chacun a un microbiote unique", détaille encore Patrick Veiga, directeur scientifique de l'unité MetaGenoPolis à l'INRAE.
Des tests jusqu'à 300 euros
C'est pourquoi les tests de "dosage" ou "bilan" du microbiote intestinal proposés depuis quelques années par des laboratoires sont "inutiles", expliquent les spécialistes.
Très populaires sur les réseaux sociaux, ces tests - non remboursés par la sécurité sociale et qui peuvent coûter entre 100 et 300 euros - sont réalisés à partir d'un échantillon de selles, grâce à un kit envoyé à domicile. La plupart promettent de réaliser une "cartographie" du microbiote suivie de "recommandations sur mesure".
Cependant, "ces tests ne sont pas encore fiables", pointe Mme Rodriguez qui a participé à une étude sur le sujet.
En 2024, avec plusieurs scientifiques de l’association européenne Pharmabiotic Research Institute (PRI), et dans le cadre du programme européen "Human Microbiome Action", ils ont envoyé un même échantillon de selles à six entreprises proposant des analyses de microbiote. Les résultats, publiés dans la revue Microbiome (lien archivé ici), montrent de grandes divergences dans les résultats.
"Nous avons reçu six rapports complètement différents, certains qualifiant la diversité microbienne de mauvaise, faible ou très bonne. Il y a un vrai manque de standardisation des méthodes qui entache la fiabilité de l'analyse", décrit-elle.
De plus, il n'est pas possible de faire des diagnostics à partir des résultats obtenus, soutiennent les professionnels.
En effet, ces tests peuvent donner "un profil de la composition de votre microbiote intestinal, voire des gènes portés par vos bactéries", développe M. Veiga, mais "savoir que vous avez davantage certaines bactéries que d'autres, ne permet pas aujourd'hui de poser un diagnostic, ni de donner des recommandations précises pour mieux manger ou éviter tel ou tel aliment".
Ainsi, ces tests peuvent pour l'instant n'être que "récréatifs, pour satisfaire une curiosité" et sont inutiles pour "des diagnostics cliniques ou pour prendre des décisions médicales ou nutritionnelles", insiste-t-il.
"43% de la population souffre de symptômes digestifs modérés à sévères, c'est un vrai problème. Mais il n'existe pas -aujourd'hui- de solutions basées sur l'analyse du microbiote intestinal", renchérit M. Veiga alors que de plus en plus de personnes -et surtout de femmes- se tournent vers ces tests à la recherche de réponses et de solutions face à leurs problèmes digestifs.
De même, au moins 5% de la population souffre du syndrome de l'intestin irritable, une maladie "complexe", aux symptômes "multifactoriels", pour laquelle "le rôle du microbiote n'est qu'un des nombreux composants", insiste M. Laharie.
"Malheureusement, c'est une situation où la médecine conventionnelle est en difficulté pour soulager correctement les patients, et sur laquelle s'engouffrent des thérapies alternatives, voire du charlatanisme, avec un business qui profite de la détresse de patients qui ont d'authentiques symptômes digestifs", alerte-t-il.
Un vaste marché de compléments alimentaires
En effet, contrairement aux médecins, de nombreux pseudo-coachs plébiscitent ces tests et proposent d'analyser les résultats sur lesquels ils prétendent s'appuyer pour prescrire des régimes spécifiques ou des cures de compléments alimentaires -prébiotiques ou probiotiques- censés rééquilibrer, maintenir ou soutenir le microbiote. Mais, là encore, les preuves d'efficacité sont loin d'être convaincantes.
Il serait par exemple "risqué", affirme M. Veiga, "d'éliminer de l'alimentation toutes les fibres et tous les aliments qui pourraient causer des troubles, sans regarder de façon ciblée", ce qui peut-être "préjudiciable pour la santé sur le long terme".
Quant aux compléments alimentaires, le marché regorge de prébiotiques et de probiotiques, composés de micro-organismes censés avoir un effet bénéfique sur la santé. Prudence toutefois car les compléments alimentaires ne sont pas soumis à une autorisation de mise sur le marché, contrairement aux médicaments. Aucune étude d'efficacité ou d'innocuité n'est requise avant leur commercialisation.
Ils ne peuvent revendiquer d'effets thérapeutiques, et les effets positifs sur la santé qu'ils peuvent afficher sont encadrés par l'Union européenne. C'est l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) qui est chargée d'examiner les allégations soumises par les industriels avant de commercialiser leurs produits - telles que "améliore la santé intestinale" ou "renforce l'immunité" - et de déterminer si elles peuvent être étayées par des preuves scientifiques.
"Pour le terme +probiotique+, nous avons évalué 129 demandes, aucune n'a été autorisée par la Commission européenne", a expliqué à l'AFP Edward Bray, de l'EFSA, comme nous pouvons le voir ici (lien archivé ici).
"Les termes tels que +renforcement+ ou +augmentation+ de la flore intestinale sont interdits" sur l’étiquetage ou dans les communications à caractère commercial de ces produits, ajoute également auprès de l'AFP la DGCCRF.
Quant à l'efficacité des probiotiques, M. Laharie explique que "le problème est qu'on extrapole souvent les résultats de quelques études bien faites et positives à l'ensemble des probiotiques".
"On a tout un tas de probiotiques qui existent sur le marché alors que seulement quelques-uns ont une efficacité démontrée. Pour s'y retrouver, il faut regarder la souche présente dans le produit et chercher les études scientifiques qui s'y réfèrent", explique-t-il. Même chose du côté des prébiotiques, il existe "beaucoup de littérature", mais "peu de preuves scientifique".
Des recherches en cours
Afin de mieux comprendre le rôle du microbiote intestinal et les liens éventuels entre ses déséquilibres et diverses maladies, le projet nommé "Le French Gut - le microbiote français" lancé il y a trois ans, vise à collecter 100.000 échantillons d'ici 2029, comme expliqué dans cet article de l'AFP (lien archivé ici).
L'objectif est notamment d'identifier des profils de microbiote de personnes en bonne santé et d'en faire une sorte de baromètre.
"Aujourd'hui, on n'a pas cette +carte+ des microbiotes qui nous permettrait de dire +vous avez tel microbiote, alors cette intervention serait meilleure pour vous, et à l’inverse un autre type de microbiote appellerait une autre intervention+", décrit Patrick Veiga, co-pilote du projet.
"On espère bien qu'avec cette carte, on pourra classer et guider les citoyens. C'est la science de demain, ou d'après-demain. On n'y est pas encore mais on y travaille."
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